Fünf Jahre, nachdem die Pläne des skrupellosen Lord Business vereitelt werden konnten, müssen sich die Helden von Steinstadt erneut zusammentun, um eine Bedrohung abzuwenden, denn DUPLO-Invasoren aus dem Weltall zerstören die heile LEGO-Welt. Bei ihren Versuchen, die mysteriösen Aliens zu besiegen, reisen Emmet, Lucy, Batman und die anderen Helden durch Zeit und Raum und geraten unter anderem in ein merkwürdiges Universum, in der wie bei einem Musical ständig gesungen wird.